选择合适的精灵对于通关和战斗至关重要。初始精灵中，小火龙、妙蛙种子和杰尼龟各有优势，其中小火龙最终进化为喷火龙，拥有强大的火系和飞行系技能，适合中后期战斗；妙蛙种子进化为妙蛙花，具备草系和毒系双属性，对抗水系和地面系效果显著；杰尼龟进化为水箭龟，防御和特防能力突出，是稳定的水系选择。这三只初始精灵在游戏不同阶段都能发挥重要作用，尤其是喷火龙和妙蛙花在后期对抗四天王时表现优异。
神兽精灵在游戏中占据重要地位，闪电鸟、急冻鸟和火焰鸟是三只值得捕捉的传说精灵。闪电鸟拥有高速度和特攻，电系技能能有效克制水系和飞行系；急冻鸟的冰系技能对龙系和飞行系有显著优势；火焰鸟则是火系和飞行系的强力组合。超梦作为游戏中最强的超能力系精灵，特攻和速度极为出色，但捕捉难度较高。洛奇亚和凤王虽然实力强大，但获取条件较为苛刻，适合有经验的玩家挑战。
水系精灵中，暴鲤龙和乘龙是值得培养的选择。暴鲤龙由鲤鱼王进化而来，虽然前期较弱，但进化后拥有极高的物攻和龙系抗性；乘龙则是水冰双系精灵，特防和HP优秀，能学习精神干扰等强力技能。宝石海星也是热门选择，高速和高特攻使其成为速攻手，同时能学习十万伏特等电系技能弥补属性弱点。水箭龟作为初始精灵之一，防御能力突出，适合持久战。
火系精灵除了喷火龙外，风速狗也是强力选择。风速狗物攻和特攻均衡，速度较快，能学习火焰喷射和神速等技能。九尾则偏向特攻型，拥有较高的特防和速度，但物防较弱。格斗系精灵中，怪力和沙瓦郎是常见选择，怪力物攻极高但速度较慢，沙瓦郎则速度较快且技能组合灵活。超能系精灵以胡地为代表，特攻和速度极为出色，但需要通讯进化才能获得最终形态。
草系精灵在游戏中选择相对较少，但妙蛙花凭借双属性和高耐久成为首选。大食花是草毒双系精灵，能学习催眠粉和剧毒等干扰技能，但速度较慢。虫系精灵中飞天螳螂物攻和速度突出，但防御较弱。电系精灵推荐雷丘和电击兽，雷丘速度较快且能装备电珠提升威力，电击兽则拥有更高的特攻和技能池。龙系精灵快龙是综合能力最强的选择，但升级所需经验较多。
在组建队伍时需注意属性平衡和技能搭配，避免单一属性弱点被针对。神兽虽然强大但并非必要，常规精灵通过合理培养也能应对大部分战斗。游戏后期可根据对手阵容调整精灵配置，针对四天王和冠军的特点选择克制的精灵和技能。捕捉稀有精灵需要耐心和策略，部分精灵仅在特定地点或条件下出现，提前规划捕捉路线能节省时间。